卫生部发布的2012年第6号公告，批准增补食品添加剂(营养强化剂)低聚果糖的质量规格要求，从而结束国产低聚果糖不能作为营养强化剂应用于配方食品的局面。
该公告使得GBl4880中可以应用于婴幼儿配方食品、婴幼儿谷类辅助食品及调制乳粉中的低聚果糖既可以是符合卫生部2009年第ll号公告的菊苣来源的低聚果糖，也可以是符合2012年第6号公告的蔗糖来源低聚果糖，即以蔗糖为原料，用来源于米曲霉的β- 果糖基转移酶水解后，经色谱分离提纯、干燥制得的纯度大于等于95％的低聚果糖。
作为商品的低聚果糖主要有两种来源，一是我国以至于亚洲地区普遍生产的以蔗糖为原料的低聚果糖，二是主要产于欧洲的以菊苣为原料的低聚果糖。在低聚果糖国标GB／T23528--2009中将两种低聚果糖同等对待，都是作为食品配料应用于一般食品中。但对于配方奶粉等特殊食品中作为营养强化剂，按照卫生部2009年第ll号公告要求，只能是菊苣来源的低聚果糖，国产的蔗糖来源低聚果糖被排除在营养强化剂之外。
2009年广东江门量子高科生物股份有限公司开始将蔗糖来源低聚果糖申报为营养强化剂，首次完成蔗糖来源低聚果糖生产应用菌种、酶安全性评价和低聚果糖在配方食品中应用功能评价，以企业标准促成了蔗糖来源低聚果糖营养强化剂标准的诞生。卫生部2012年第6号公告也结束了进口低聚果糖垄断婴幼儿配方食品市场的局面。